เจ้าหญิงไอโกะประสูติเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2544 ณ โรงพยาบาลสำนักพระราชวัง เวลา 14:43 น. ตามเวลาท้องถิ่น เป็นพระราชธิดาเพียงพระองค์เดียวในสมเด็จพระจักรพรรดินารูฮิโตะ กับสมเด็จพระจักรพรรดินีมาซาโกะ ขณะทั้งสองยังดำรงตำแหน่งมกุฎราชกุมารและมกุฎราชกุมารี ตามลำดับ[2][3] เมื่อแรกประสูติมีความยาวพระวรกาย 49.6 เซนติเมตร และน้ำหนัก 3,103 กรัม และประสูติกาลขณะที่พระชนกมีพระชนมายุ 41 ปี และพระชนนีมีพระชนมายุ 37 ปี เบน ฮิลส์ (Ben Hills) นักข่าว ผู้เขียนหนังสือ เจ้าหญิงมาซาโกะ : นักโทษแห่งบัลลังก์เบญจมาศ (Princess Masako: Prisoner of the Chrysanthemum Throne) ระบุว่าจักรพรรดินีมาซาโกะทรงพระครรภ์เจ้าหญิงไอโกะด้วยการปฏิสนธินอกร่างกาย[4]

พระชนกและพระชนนีทรงตั้งพระนามพระธิดาด้วยพระองค์เอง (ปรกติจะได้รับพระราชทานพระนามจากสมเด็จพระจักรพรรดิ) โดยนำมาจากคำสอนของเม่งจื๊อ นักปรัชญาชาวจีน ความว่า

"ผู้ที่ให้ความรักก็จะได้ความรักตอบ ผู้ที่ให้ความเคารพก็จะได้ความเคารพตอบ" (愛人者人恆愛之，敬人者人恆敬之。)

พระนาม "ไอโกะ" (愛子) ประกอบด้วยตัวคันจิสองตัวคือ "ความรัก" (愛) กับ "เด็ก" (子) รวมกันมีความหมายว่า "บุคคลอันเป็นที่รัก"[5] ส่วนพระอิสริยยศและราชทินนาม "โทชิโนะมิยะ" (敬宮 toshi-no-miya) มีความหมายว่า "บุคคลผู้ควรแก่การเคารพ"[5]

พระองค์เข้ารับการศึกษาระดับปฐมวัย ณ โรงเรียนกากูชูอิง เมื่อวันที่ 3 เมษายน พ.ศ. 2549[6] จึงจบการศึกษาระดับปฐมวัยเมื่อวันที่ 15 มีนาคม พ.ศ. 2551[7] ทรงศึกษาต่อในระดับประถมศึกษา ณ สถานศึกษาเดิมในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2552 แล้วเข้าศึกษาต่อระดับมัธยมศึกษาตอนต้นในเดือนเมษายน พ.ศ. 2557[8] ระดับมัธยมศึกษาตอนมัธยมศึกษาตอนปลายในเดือนเมษายน พ.ศ. 2560[2][9]

พ.ศ. 2561 เจ้าหญิงไอโกะทรงเข้าเรียนภาคฤดูร้อนของวิทยาลัยอีตัน สหราชอาณาจักร[10] หลังเสด็จกลับญี่ปุ่น พระองค์เปี่ยมไปด้วยความมั่นพระทัยยิ่ง ทรงรับเป็นโฆษกของคณะเต้นรำในโรงเรียน แหล่งข่าวแห่งหนึ่งที่อ้างว่าสนิทสนมกับพระราชวังระบุว่าเจ้าหญิงไอโกะทรงให้กำลังใจพระชนนี ที่ดำรงพระอิสริยยศเป็นจักรพรรดินี[11] เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2563 ทรงศึกษาต่อด้านภาษาญี่ปุ่นและวรรณคดี มหาวิทยาลัยกากูชูอิง[12]